Après l’obtention de sa licence en médecine et chirurgie, l’intérêt d’Alfonso Caycedo pour la psychiatrie le conduit à se rapprocher du célèbre psychiatre,  le professeur Juan-Jose López Ibor et devient, l’un de ses plus proches collaborateurs.

À cette époque, il prend conscience du grand déséquilibre entre l’étude des disciplines à caractère biologique (anatomie, physiologie) et le peu d’importance accordé à l’analyse de la conscience en elle-même, dans les études de médecine. Il considère cela comme un vide scientifique.

La conscience humaine l’a toujours intéressée. Grâce à la thérapie psychiatrique, il a été en contact direct avec les états modifiés de la conscience. C’est pourquoi il décidera en octobre 1960, à l’âge de 28 ans, de créer une nouvelle discipline dont l’objectif est l’étude de la conscience et l’investigation de méthodes qui permettent de développer son équilibre ; la sophrologie.

Son intérêt pour l’étude de la conscience le pousse à étudier Edmund Husserl (1859-1938), philosophe, logicien et mathématicien allemand, dont la méthode phénoménologique mène à la connaissance de la conscience pure. Une nouvelle approche philosophique qui jusque-là n’avait pas été étudiée en médecine.

C’est à cette époque que son professeur Ybor Lopez lui conseille de rencontrer le psychiatre suisse, Ludwig Binswanger (1881-1966), qui a adapté la méthode d’Husserl à la psychiatrie. Il applique la « daseinanalyse » (analyse existentielle) comme approche phénoménologique en thérapie psychiatrique.

Il réussit à obtenir un stage chez le Dr Binswanger dans sa clinique de Kreuzlingen en Suisse et s’offre alors une première grande parenthèse.

C’est le point de départ, entre le Dr Caycedo et le Dr Binswanger, d’échanges réguliers concernant la phénoménologie dans la psychiatrie. À l’époque, le Dr Binswanger expérimentait une thérapie où le phénomène avait la parole : il s’agissait de thérapie sans aucune médication, sans électrochocs, sans coma insulinique, qui encourageait la liberté du patient. Il constituait des groupes où les malades psychiatriques pouvaient aller et agir librement. Cette thérapie phénoménologique, permettait au patient de s’exprimer librement, sans aucun préjugé et d’être étrangement dans l’équilibre.